El Banco Mundial llegó a Timor Leste en 1999, cuando la ONU todavía estaba planeando la misión de intervención. La poca atención dada por la Administración Provisional de la ONU al desarrollo económico en Timor del Este permitió que el Banco asumiera un papel central. Después de la violencia masiva, el Banco y el Fondo visitaron Timor-Leste para dirigir una misión de evaluación conjunta y esto se llevó a cabo con poca consulta con los timorenses. El informe de la misión que fue presentado en la conferencia de los donantes en Tokio en diciembre de 1999, habría de determinar los planes de reconstrucción y desarrollo.

El Banco jugó varios papeles en el esfuerzo de reconstrucción y desarrollo de Timor-Leste:

• A través de la supervisión del Fondo de Fideicomiso para Timor-Leste (TFET), el Banco financió la agricultura, la salud y la educación. La mayoría de los donantes prefirieron canalizar su asistencia a través de TFET porque era más fácil para ellos controlar el uso de los fondos. Hasta su final en el 2006, TFET había canalizado $178 millones, aproximadamente el 10 por ciento del apoyo total de los donantes al país.
• El Banco administró el Fondo de la Salud, creado por la Comisión Europea, a través del cual pudo influenciar la política de la salud;
• El Programa de Ayuda Transitoria (TSP – Transitional Support Program) creado por los donantes para asistir al gobierno post guerra de Timor-Leste, requería de la presentación de planes y cronogramas para la aprobación del Banco; y
• Consultores del Banco fueron colocados dentro de Ministerios claves, tales como el del petróleo y los recursos naturales, la planificación y las finanzas.

La presencia del Banco y de las IFIs debe ser examinada críticamente. Cuando el Banco asumió un papel central en la reconstrucción y desarrollo de Timor-Leste, la mayoría de los lugareños no tenían idea de lo que era el Banco, de sus papeles, antecedentes y experiencia en otros países. Inicialmente, Timor-Leste no era miembro del Banco Mundial o del FMI y solo se unió a estos en el 2002 y por supuesto, el poder de voto de Timor-Leste en el Banco es demasiado bajo para influenciar sus decisiones.

A pesar de que la terminología de la transparencia, la rendición de cuentas y la participación se ha convertido en la religión del Banco Mundial, los conceptos no se reflejan en la práctica. El Banco no tiene mecanismos adecuados para la rendición de cuentas a las personas a nivel local en Timor-Leste, solo rinde cuentas a los donantes. El Banco ni siquiera tiene una oficina en el área rural, donde vive el 80 por ciento de los timorenses. Mientras que el Banco produce una miríada de documentos, no es asequible a las personas a nivel local, debido al problema del idioma y a la jerga que utiliza.

El Banco ha sido criticado por su trabajo en el sector agrícola por la destrucción de las formas tradicionales de producción e intercambio. El Banco creó el Centro Piloto de Servicios Agrícolas (PASC) en el marco del Proyecto de Rehabilitación Agrícola. El objetivo de los PASCs fue reforzar la introducción de la economía de mercado. Tradicionalmente los granjeros timorenses habían vivido por fuera de la economía del dinero, utilizando formas de intercambio como el trueque. El Banco ha animado a los granjeros timorenses a adoptar cultivos de exportación como el café, permitiendo que otros cultivos que requieren mano de obra intensiva como el arroz fueran sustituidos por importaciones más baratas. Esto produce serias preocupaciones relacionadas tanto con el desempleo en el sector agrícola como con la seguridad alimentaria a largo plazo.

El objetivo del Proyecto de Empoderamiento de la Comunidad del Banco, es establecer estructuras locales que sean transparentes, democráticas y con rendición de cuentas en áreas rurales, para que se tomen decisiones sobre los proyectos del desarrollo en forma descentralizada. Sin embargo, el programa entró en conflicto con las estructuras tradicionales.

A pesar de que el Banco argumenta que su presencia reforzó la posición gubernamental, la realidad es que subordinó y marginó al Gobierno. La mayoría de los programas del Banco no toman en cuenta a los gobiernos en el proceso de toma de decisiones, y por lo tanto, socavan la participación y rendición de cuentas de los representantes elegidos democráticamente. Como conclusión, la presencia del Banco ha creado más problemas en Timor-Leste de los que ha solucionado.